Начальной точкой отсчета в истории отделения стал январь 1993 года, когда на базе областной больницы было организовано новое структурное подразделение–консультация « Брак и семья». Основными задачами консультации были:

• оказание специализированной консультативной и лечебно-профилактической помощи населению городов и районов области по поводу нарушений репродуктивной функции;
• консультирование по вопросам планирования семьи;
• помощь в решении психологических вопросов внутрисемейного общения и сексуальных  расстройствах;
• медико-генетическое обследование семей с наследственной и генетической патологией;
• санитарно-просветительная работа по вопросам гигиены брака.

Консультацию открывали заведующий отделением Досетов М.Ш. и старшая медицинская сестра Борозинец Т.В.
Первыми врачами отделения были Сидоренко Л.В - цитогенетик., Жирентаева К.А. - врач гинеколог-эндокринолог, Квасницина Н.М. - андролог, Клименко М.В и Шаповалова Т.В. - врачи генетики, Гурьянова В.Г. – акушер-гинеколог, психотерапевт -  Стельмах И.А, сексопатолог – Поликарская Л.Д. В разное время  в отделении работали Чалова Н.Б., - акушер-гинеколог, урологи -  Егенбаев С.Б., Семенов Е.В., Бауэр Д.Э., Жаканова Н.К., Мендыкулова С.И.,  психологи – Лукшин Ю.С., Мельникова Е.А.  

Во многом благодаря энтузиазму и настойчивости в трудных экономических условиях коллективу удалось не только сохранить, но и значительно развить передовые методы профилактики, диагностики и лечения заболеваний, расширить спектр и качество оказываемых медицинских услуг.
1998 год – год  внедрения Национального Генетического Регистра (НГР) – первой в системе здравоохранении Республики Казахстан электронной базы данных о новорожденных с врожденными пороками развития. В этот год в отделение приходит врач-генетик Дощанова К.И. И именно  благодаря ее упорству и усилиям НГР внедрен и в Костанайской области.
В период с 1998 по 2007 годы отделение было переведено на финансирование по принципу хозяйственного расчета. Отделение не прекращало развиваться и оказывать медицинскую помощь на самом высоком уровне.

В 2008 году консультация «Брак и семья» реорганизована в медико-генетическое отделение. С этого года в области, как и в республике в целом, внедрены пренатальная диагностика и неонатальный скриниг. Сформирована и начала работу по единым республиканским стандартам лаборатория «Дельфия». Стали проводиться исследования на выявление риска рождения детей с хромосомной патологией и обследование новорожденных на генетическую патологию и заболевания обмена веществ. Впервые эти исследование начала проводить врач-лаборант Нураленова Ж.С., эстафету приняла врач Тайкешева З.Х. Параллельно с открытием лаборатории начал функционировать кабинет ультразвуковой диагностики, в функции которого входило выявление врожденных пороков развития у внутриутробного плода, а также систематизация полученных данных со всей области с последующим статистическим анализом. Ответственность за этот раздел работы был возложен на специалиста по ультразвуковой пренатальной диагностики  Жусупову  Д.С.

С 2011 года врачом пренатальной диагностики работает врач-генетик Дядик Н.Н.
В 2012 году отделение пополнилось новыми кадрами. Сюда пришли акушер-гинеколог  Сиразетдинова С.В, психолог Смецкая О.Ю. В 2013 году к цитогенетическим исследованиям приступила Нураленова  Ж.С.
В этом году отделение отметило свой 20-летний юбилей.