Бухгалтерия – структурное подразделение больницы, источник полной, документально обоснованной и структурированной экономической информации, необходимой для принятия управленческих решений в целях обеспечения эффективного хозяйствования.

С 1947 по 1963 годы бухгалтерию возглавлял Слепов Ю.Г., в штате было всего две единицы.
С 1972 по 1977 годы бухгалтерией руководила Корсунцева В.А., в штате работали Погорелко А.Н., Попондопуло А.К., Негрель А.Ф.
В 1976 году был сдан новый пятиэтажный корпус, и штат бухгалтерии увеличился до 8 человек. С вводом новых мощностей больницы и увеличением счетной работы штат увеличился до 12 человек. Пришли молодые специалисты: Зиновьева В.И., Ольшевская Н.М., Компаниец Т.М., Хрипкова В.И., Золоторенко Н.Б., Абдрахманова Р.Б., Ильина С.Ю., Саяпина В.И., Петрова Н.С., Видяева Н.И., Пимкина Н.Я., Тиссен Е.И., Токарева Н.В. Впервые была введена должность заместителя главного врача по экономической работе, на которую была назначена Бабчинец Т.Б.

В настоящее время штат бухгалтерии состоит из 12 человек. Возглавляет бухгалтерию Муржакупова Б.А.